چند شکلی ادغامی برخی خانواده های رتروترنسپوزونی در انگور

پایان نامه
چکیده

رتروترنسپوزون ها فراوانترین و رایج ترین عناصر جابجا شونده در ژنوم یوکاریوت ها هستند. به علت گستردگی، پوشش ژنومی و چند شکلی درجی بالای این عناصر در ژنوم گیاهان استفاده از آن ها به عنوان نشانگرهای مولکولی بسیار مناسب است. به منظور بررسی فعالیت خانواده های رتروترنسپوزونیtvv1، edel، vine1، gentilو huben، نسخه مرجع هر عنصر از بانک های اطلاعاتی ذخیره و با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که رتروترنسپوزون tvv1 قدیمی ترین عنصردر بین خانواده های مورد مطالعه می باشد. سپس آغازگرهای مناسب براساس نواحی ltr این عناصر طراحی و در قالب نشانگرهای irap و remap جهت مطالعه تنوع ژنتیکی 67 رقم انگور (vitis vinifera l.) مورد استفاده قرار گرفت. از بین خانواده های رتروترنسپوزونی مورد استفاده در ژنوم انگور، آغازگرtvv1 هم به صورت منفرد و هم ترکیبی الگوی باندی چند شکل و قابل امتیازدهی تولید نمود. در کل 103 مکان با استفاده از 2 آغازگر منفرد irap و 13ترکیب آغازگری remap تولید شدکه از این تعداد، 83 مکان (58/80 درصد) چند شکل بودند. میزان هتروزیگوسیتی (he) برای آغازگرها از صفر (آغازگرgentil-a7) تا 38/0 (آغازگر tvv1-808) متغیر بود. میانگین هتروزیگوسیتی کل ارقام 27/0 بود. دامنه ضرایب تشابه ژنتیکی بین ارقام از57/0 (رقم h6 با دسترچین) تا 1 (رقم رشه اصل با سیاه معمولی) متغیر و میانگین آن 78/0 بود. تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابهdice و الگوریتم upgma ارقام مورد مطالعه را در 6 گروه اصلی قرار داد، و ارقام زراعی و نمونه های وحشی را از هم متمایز نمود هر چند که در گروه انگورهای زراعی چند ژنوتیپ انگور وحشی نیز قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگرهای مبتنی بر خانواده-های رتروترنسپوزونی مورد استفاده به ویژه tvv1 می توانند به عنوان نشانگر مولکولی برای مطالعات نقشه یابی و تنوع ژنتیکی در برنامه های اصلاحی انگور مورد استفاده قرار گیرند

منابع مشابه

ارتباط چند شکلی ژنی

  چکید ه   سابقه و هدف   چندین چند شکلی ژنی در رابطه با گلیکوپروتئین‌های پلاکتی به عنوان فاکتور خطر برای بیماری‌های قلبی ـ عروقی شناسایی شده است. در این مطالعه نقش چند شکلی ژنی -5T/C سکانس کوزاک ژن GPlb α ، به عنوان یک فاکتور خطر در سکته قلبی زودرس در بخشی از جمعیت ایرانی مورد مطالعه قرار گرفت.   مواد و روش‌ها   در یک مطالعه توصیفی مقطعی در سال 1389، 100 بیمار سکته قلبی و 100 فرد سالم که با آنژ...

متن کامل

ارتباط چند شکلی ژنی

چکید ه   سابقه و هدف   چندین چند شکلی ژنی در رابطه با گلیکوپروتئین های پلاکتی به عنوان فاکتور خطر برای بیماری های قلبی ـ عروقی شناسایی شده است. در این مطالعه نقش چند شکلی ژنی -5t/c سکانس کوزاک ژن gplb α ، به عنوان یک فاکتور خطر در سکته قلبی زودرس در بخشی از جمعیت ایرانی مورد مطالعه قرار گرفت.   مواد و روش ها   در یک مطالعه توصیفی مقطعی در سال 1389، 100 بیمار سکته قلبی و 100 فرد سالم که با آنژیو...

متن کامل

چند شکلی ژن های OPN و UTMP در گاوهای نر هلشتاین ایران

  OPN gene is located in the middle of chromosome 6 and it is reported that this gene is essential for the growth of mammary glands and lactation . UTMP gene is located on chromosome 21 and it plays a role in embryo survival rates and fertility rates . Studies have also shown that these two genes have a significant association with milk production traits and health traits. The aim of this study...

متن کامل

وضعیت چند شکلی پروموتور ژن UCP2 در جمعیت سالم ایرانی

Background: Uncoupling protein-2 (UCP2), one of the mitochondrial transporter memborane protiens, is suggested as a contributor gene for obesity. A common G/A polymorphism in the UCP2 promoter region is associated with obesity and diabetes.Methods: As a cross-sectional study, 75 healthy 25-64 years volunteers were randomly selected from Tehran University of Medical Sciences population Lab. DNA ...

متن کامل

مطالعه in silico خانواده ژنی پلی‌آمین اکسیداز (PAO) در انگور

پلی­ آمین اکسیدازها (PAO) آنزیم­های وابسته به فلاوین آدنین دی­نوکلئوتید هستند که در کاتابولیسم پلی­آمین­ها در پراکسی­ زوم، آپوپلاست و سیتوپلاسم نقش دارند. گزارش­های زیادی در زمینه اهمیت ژن­های PAO گیاهان در پاسخ به تنش­ها ارائه شده است با این حال مطالعه جامعی در مورد تعداد، روابط تکاملی، ساختار ژنی و الگوی بیانی ژن­های PAO در انگور موجود نیست. در مطالعه حاضر با استفاده از روش­های بیوانفورماتیکی...

متن کامل

آنالیز چند شکلی های ژنتیکی در چهار جایگاه نشانگری ژن PEPCK-C در سویه های مختلف مرغ

     This research was carried out in order to detect the polymorphisms in four sites of PEPCK-C gene by PCR-RFLP method in a commercial layer and broiler strains and breeder hens of Mazandaran native fowls breeding station. Blood samples were collected randomly from 150 birds from a three populations and DNA was extracted using modified salting out method. Using polymerase chain reaction (PCR)...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه ارومیه - دانشکده کشاورزی

کلمات کلیدی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023